Ante o insucesso das Capitanias, Portugal apressou-se em nomear um Governo Geral para o Brasil capaz de levar aos donatários a ajuda da Corte e a uni-los para a defesa comum. A Coroa adquiriu dos herdeiros empobrecidos de Francisco Pereira Coutinho a Capitania de Todos os Santos, escolhida por ser "o mais conveniente lugar que há nas terras do Brasil para daí se dar favor e ajuda às outras povoações". Ali edificou-se a cidade do Salvador, que veio a ser, assim, nossa primeira Capital. Os anos que se seguiram foram de luta por firmar a propriedade e a posse da terra. Durante muito tempo os franceses de Villegaignon dominaram a Guanabara e regiões vizinhas, donde só foram expulsos após dura campanha. Não menos dura foi a luta para expulsá-los, mais tarde, do Rio Grande do Norte, da Paraíba e do Maranhão. Mal nos havíamos livrado dos franceses, surgiu ameaça maior: as invasões holandesas. Maior porque, contrariando o procedimento francês de só ocupar regiões ainda não colonizadas pelos portugueses, os novos conquistadores dirigiram suas investidas justamente contra as mais importantes cidades brasileiras da época, que tomaram de assalto, saquearam e ocuparam por longo tempo. A primeira conquistada foi a própria Capital, Salvador, sede do Governo Geral. Salvador havia repelido anteriormente ataque de piratas ingleses, Robert Withrington e Christopher Lister, mas não pôde resistir aos 500 canhões, 1.700 soldados e 1.600 marinheiros do almirante flamengo Willenkens. A expulsão dos holandeses um ano após a conquista só serviu para alertá-los de que deviam aumentar suas forças se quisessem dominar a terra e nela permanecer. Voltaram cinco anos mais tarde, não com 23 navios como da primeira vez, mas com 70. O número de soldados subira para 7.200 e as bocas de fogo para 1.200. Aproaram no rumo de Pernambuco, que se tornara a mais rica de todas as possessões portuguesas. Olinda e Recife caíram. Partindo daí, os invasores estenderam seus domínios por quase todo o Nordeste. E durante um quarto de século viveram como senhores da terra, aceitos e até estimados por muitos dos naturais. Sua derrota nos Guararapes e a capitulação da campina do Taborda vieram encerrar o ciclo das tentativas estrangeiras de ocupar o Brasil em caráter permanente. Mas não afastaram de nossas costas as incursões dos piratas, cada vez mais ousados e estimulados, quando não "patrocinados", pelos governos dos seus países. Em 1591, Thomas Cavendish, inglês, saqueou a florescente capitania de São Vicente, incendiando seus engenhos de cana de açúcar e a própria Vila. Em 1592, atacou sem sucesso as vilas de Santos, no litoral paulista e Vitória, no Espírito Santo. James Lancaster, inglês e Johan Vanner, holandês, em 1595, tomaram as cidades de Olinda e Recife (antes, portanto, da invasão holandesa) e durante um mês aí permaneceram carregando seus 15 navios com o rico espólio conquistado, tão grande que tiveram de fretar mais três embarcações holandesas surtas no porto para carregá-lo. Os holandeses, em 1624, conquistaram Salvador, a Capital. Expulsos, nem por isso a deixaram em paz. Pieter Heyn, que participara da conquista, voltou em 1627, entrou no porto e aprisionou 25 navios com suas cargas, conservando-se ali, ameaçador, por todo um mês. Esse mesmo Pieter Heyn, no período em que os flamengos dominavam a Bahia, tentara saquear Vitória mas fora rechassado. Firmemente estabelecidos em Pernambuco, que haviam invadido em 1630, os holandeses buscaram apossar-se novamente da sede do Governo Geral. O próprio Nassau comandou a expedição, para a qual mobilizou 3.400 soldados e 1.000 índios. Foi repelido. Em 1710 Duclerc, francês, invadiu o Rio de Janeiro. Derrotado, teve 450 dos seus homens mortos pelo povo enfurecido. Em represália outro francês, Duguay Trouin, voltou a atacar o Rio, no ano seguinte, com mais de 700 canhões e 5.000 soldados. Dessa vez a cidade não pôde resistir e foi saqueada. Para não incendiá-la, Trouin exigiu e recebeu um grande resgate: 610.000 cruzados em dinheiro, 100 caixas de açúcar e 200 bois. Alguns historiadores afirmam que o saque rendeu de 25 a 30 milhões de cruzados. .